第十六章 GCCGCCAGTTCC
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傍晚，他被接二连三的电话吵醒。三家测序公司全都散发着大号拖延症的气质，像是约好了一样，在承诺时效的前一天晚上才和他沟通。
沟通的内容无非就是怀疑样本被污染了，所以提前声明不对测序结果的解读负责。
卢赫见怪不怪地一顿“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他们都给打发了，随后邮箱被测序报告塞满。
他从床上爬起来，穿戴整齐，甚至用梳子蘸水梳了头发。
随后他郑重地走下楼，走进细胞间，一屁股坐在电脑前，伸手去手捞椅背，把正在忙碌的菜菜一把拽了过来。
“歇会儿歇会儿，陪我吃瓜。”
这次他们率先打开了基因组原始数据。基准30亿个碱基对，有效分析了30亿个碱基对。Gc含量57%。
怎么还是这么高？
两人的脑袋凑在一起，紧盯着屏幕上缓缓滑过的密密麻麻的字符。这次依然是满屏的红和绿，但红多绿少。
“停！”菜菜指着刚掠过的一段字符惊呼，“你看这段，GccGccAGttcc，这不是终止子吗？”
卢赫定睛一看，“是啊，这是转录终止修饰点，而且是依赖Rho因子[1]的的转录终止。”
“终止，好多终止，全是终止！”菜菜又一次惊呼，“停！这段，Gc区[2]下游怎么没有tAtA区[3]啊。我只知道组蛋白可以没有Gc区，这没有tAtA区的是什么鬼啊？”
鼠标继续翻动，两人逐渐陷入沉默。
许久之后，卢赫打破了这死寂的气氛，但从他嘴里说出的并不是菜菜所期待的正经话。
“真是离谱他妈给离谱开门，离谱到家了。”他边感慨边点开了刚刚下载好的线粒体基因，在软件加载期间合了好几下眼。
软件加载完成，线粒体基因没有太多注释，可翻了几下后，两人还是犹如半截木头般僵在那里。从地下室天窗投射出的一缕橙红色的阳光，缓缓从卢赫的脸上掠过，他连眼睛都没眨一下。
渐渐的，天色完全暗下来，电脑屏幕上反射出天花板上白炽灯管的轮廓，正好遮挡住屏幕的正中央。
“GGAGGGcGAGGctccGtcctAGccttG。。。”卢赫偏了偏头，默念着其中的一段碱基序列，重启电脑进了Linux，然后在命令行下快速敲击。
一顿操作下来，他揉着脖子对着黑色背景下一格一格往前爬的亮白色进度条沉思。一旁的菜菜眯着眼睛念出命令行中的小字：“cRISpR。。。cas。。。Finder？你不会真以为他会有cRISpR系统吧？这太荒诞了。”
卢赫揉乱了自己的头发，“葫芦上藤上结南瓜。咱们搞研究的，总得有点儿想象力吧。”
不一会儿，软件装好了。他在命令行敲出一大行命令：perl cRISpRcasFinder.pl -in Stupid_turtle.fna -out Stupid_turtle_crispr_cas -def General -cas -ccvr -ccc -gscf -keep -html -cpum 32 -cpup 32 -xr 555 -md 50 -t 50
按下回车键后，藏在桌子背面的大机箱嗡嗡地运转了起来。
“法国人搞出来的开源软件，能预测cRISpR序列和cas的位置。他究竟是不是大细菌，是什么样的大细菌，等会儿一目了然。”
他说完戳了戳还在发愣的菜菜，“喂，怎么还僵着呢。你对新事物的接受能力完全不行啊。看来老呆在这儿干体力活也不行，回头你每周给我做两次文献汇报吧。记得看最新的，保准跟科幻小说一样给你看得一愣一愣的。”
进度条一点一点往前走，即将100%。菜菜目不转睛神色紧张，好像那些闪烁跳跃的格子是追在她身后的怪物，“你别说话了，我紧张，万一他是外星人怎么办？”
“哈哈。”卢赫笑出声来，“你可真是太保守了，你应该这样想：万一他不是人怎么办？你之前不是说他是大细菌吗？”
正说着，软件运行完毕，一个本地网页自动弹了出来。
confirmed cRISpRs： 31
Id: 01
cRISpR start position:
---------- cRISpR end position:
---------- cRISpR length: 260
dR consensus: GGAGGGcGAGGctccGtccGGGccGGAt
dR length: 28 Number of spacers: 3
Id: 02
......
卢赫稍加浏览，连连赞叹，“啧啧啧，31个，还不少呢。”
身边的菜菜突然起身，摘掉手套，从-20冰箱里掏出一个带冰渣的饭团，扔到了微波炉里。一分钟后，细胞间里渐渐弥漫着蛋黄酱的香气。
她打开微波炉，拿出热好的饭团一屁股坐回电脑前，从抽屉里抽出一张纸，包着饭团，旁若无人地径直往嘴边送。
卢赫在一旁惊地说不出话来。
吃下一大口后，菜菜嘴角带着饭粒含糊不清地说：“我脑子转不动，我饿了，我缺葡萄糖，我心没你大，我接受不了。”
卢赫看着面前腮帮鼓鼓囊囊的小仓鼠，不忍责怪。但他也没轻易放过她，而是怀着恶趣味幽幽开口：“你知道线粒体夏娃吗？”
对方连连摇头，“我只知道Y染色体亚当。”
“差不多是一个意思。在人类精卵细胞融合时，只有卵细胞中的线粒体被保留，因此线粒体基因是母系遗传。线粒体夏娃在进化学中被认为是人类的共同母系祖先，即现在所有人的线粒体基因都来自于她的线粒体。”
“假设，初始种群中有100个女性，或者说是有100个不同的线粒体基因组并且种群数量保持恒定。如果它们在功能上没有差别，不造成其它的自然选择压力，那么理论上在200代之后，最初100个不同线粒体中只有一个就会扩散到整个种群中，其余的全部丢失。这个独一无二的线粒体的主人，就是线粒体夏娃。”
“线粒体基因是十分稳定的，每隔600代才能产生具有种群意义的突变。目前，不同种族之间线粒体基因组的差异仅为0.32%。通过追溯不同人种线粒体dNA突变前的原型，线粒体夏娃被锁定为20万年前的非洲人。”
卢赫说完，静静期待着菜菜的反应。可对方只是不以为然地啃了一口饭团，“所以呢？你是想说不论我肤色多白手气多好，都跟你一样是非洲人？”
“你个死脑筋啊。”卢赫点了点自己的太阳穴，“想想，用这儿想想。人类的线粒体都遗传自同一位祖先，海昼天的和普通人的不一样，这意味着什么？”
“意味着他不是非洲人？他在20万年前就和咱们不是一个物种了！”菜菜恍然大悟道。
卢赫欣慰地点了点头，“还有，你知道线粒体是怎样诞生的吗？”
“你不会是想提内共生假说吧？”菜菜停止了咀嚼，用纸巾抹掉了嘴角的蛋黄酱。
“没错，你终于上道了。具有氧化磷酸化功能的古细菌，被早期的真核细胞吞噬后，二者形成共生关系。古细菌被困在真核细胞内，逐渐演化成为了线粒体。”
卢赫又点了点自己的太阳穴，“你品，你细品，是不是细思恐极，还吃得下去吗？”
菜菜放下了吃得只剩一口的饭团，取下头套，揉乱了自己的头发，“我头痒，我可能要长脑子了。你的意思难道是，早在15亿年前，海昼天就和我们不是一个祖先了，他的祖先吞噬了已演化出cRISpR功能的大细菌，并且把这个功能保留了下来？”
卢赫点了点头，“孺子可教也。但这只是其中一种可能，另外一种可能是：他被编辑过。”
-------------------------------------
[1]依赖Rho因子的的转录终止：Rho因子是一种大分子蛋白，可结合在新生的RNA链上，借助水解Atp获得能量推动自身沿着RNA链移动，但移动速度比RNA聚合酶慢。当RNA聚合酶遇到终止子时便发生暂停，Rho因子得以赶上酶。Rho因子与RNA聚合酶相互作用，使RNA、RNA聚合酶与自身一起从dNA上释放下来，以防占着茅坑不拉屎。
[2]Gc区：控制转录起始的频率，基本不参与转录起始位点的确定。
[3]tAtA区：确定转录起始位点，使转录能够精准地开始与结束。
傍晚，他被接二连三的电话吵醒。三家测序公司全都散发着大号拖延症的气质，像是约好了一样，在承诺时效的前一天晚上才和他沟通。
沟通的内容无非就是怀疑样本被污染了，所以提前声明不对测序结果的解读负责。
卢赫见怪不怪地一顿“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他们都给打发了，随后邮箱被测序报告塞满。
他从床上爬起来，穿戴整齐，甚至用梳子蘸水梳了头发。
随后他郑重地走下楼，走进细胞间，一屁股坐在电脑前，伸手去手捞椅背，把正在忙碌的菜菜一把拽了过来。
“歇会儿歇会儿，陪我吃瓜。”
这次他们率先打开了基因组原始数据。基准30亿个碱基对，有效分析了30亿个碱基对。Gc含量57%。
怎么还是这么高？
两人的脑袋凑在一起，紧盯着屏幕上缓缓滑过的密密麻麻的字符。这次依然是满屏的红和绿，但红多绿少。
“停！”菜菜指着刚掠过的一段字符惊呼，“你看这段，GccGccAGttcc，这不是终止子吗？”
卢赫定睛一看，“是啊，这是转录终止修饰点，而且是依赖Rho因子[1]的的转录终止。”
“终止，好多终止，全是终止！”菜菜又一次惊呼，“停！这段，Gc区[2]下游怎么没有tAtA区[3]啊。我只知道组蛋白可以没有Gc区，这没有tAtA区的是什么鬼啊？”
鼠标继续翻动，两人逐渐陷入沉默。
许久之后，卢赫打破了这死寂的气氛，但从他嘴里说出的并不是菜菜所期待的正经话。
“真是离谱他妈给离谱开门，离谱到家了。”他边感慨边点开了刚刚下载好的线粒体基因，在软件加载期间合了好几下眼。
软件加载完成，线粒体基因没有太多注释，可翻了几下后，两人还是犹如半截木头般僵在那里。从地下室天窗投射出的一缕橙红色的阳光，缓缓从卢赫的脸上掠过，他连眼睛都没眨一下。
渐渐的，天色完全暗下来，电脑屏幕上反射出天花板上白炽灯管的轮廓，正好遮挡住屏幕的正中央。
“GGAGGGcGAGGctccGtcctAGccttG。。。”卢赫偏了偏头，默念着其中的一段碱基序列，重启电脑进了Linux，然后在命令行下快速敲击。
一顿操作下来，他揉着脖子对着黑色背景下一格一格往前爬的亮白色进度条沉思。一旁的菜菜眯着眼睛念出命令行中的小字：“cRISpR。。。cas。。。Finder？你不会真以为他会有cRISpR系统吧？这太荒诞了。”
卢赫揉乱了自己的头发，“葫芦上藤上结南瓜。咱们搞研究的，总得有点儿想象力吧。”
不一会儿，软件装好了。他在命令行敲出一大行命令：perl cRISpRcasFinder.pl -in Stupid_turtle.fna -out Stupid_turtle_crispr_cas -def General -cas -ccvr -ccc -gscf -keep -html -cpum 32 -cpup 32 -xr 555 -md 50 -t 50
按下回车键后，藏在桌子背面的大机箱嗡嗡地运转了起来。
“法国人搞出来的开源软件，能预测cRISpR序列和cas的位置。他究竟是不是大细菌，是什么样的大细菌，等会儿一目了然。”
他说完戳了戳还在发愣的菜菜，“喂，怎么还僵着呢。你对新事物的接受能力完全不行啊。看来老呆在这儿干体力活也不行，回头你每周给我做两次文献汇报吧。记得看最新的，保准跟科幻小说一样给你看得一愣一愣的。”
进度条一点一点往前走，即将100%。菜菜目不转睛神色紧张，好像那些闪烁跳跃的格子是追在她身后的怪物，“你别说话了，我紧张，万一他是外星人怎么办？”
“哈哈。”卢赫笑出声来，“你可真是太保守了，你应该这样想：万一他不是人怎么办？你之前不是说他是大细菌吗？”
正说着，软件运行完毕，一个本地网页自动弹了出来。
confirmed cRISpRs： 31
Id: 01
cRISpR start position:
---------- cRISpR end position:
---------- cRISpR length: 260
dR consensus: GGAGGGcGAGGctccGtccGGGccGGAt
dR length: 28 Number of spacers: 3
Id: 02
......
卢赫稍加浏览，连连赞叹，“啧啧啧，31个，还不少呢。”
身边的菜菜突然起身，摘掉手套，从-20冰箱里掏出一个带冰渣的饭团，扔到了微波炉里。一分钟后，细胞间里渐渐弥漫着蛋黄酱的香气。
她打开微波炉，拿出热好的饭团一屁股坐回电脑前，从抽屉里抽出一张纸，包着饭团，旁若无人地径直往嘴边送。
卢赫在一旁惊地说不出话来。
吃下一大口后，菜菜嘴角带着饭粒含糊不清地说：“我脑子转不动，我饿了，我缺葡萄糖，我心没你大，我接受不了。”
卢赫看着面前腮帮鼓鼓囊囊的小仓鼠，不忍责怪。但他也没轻易放过她，而是怀着恶趣味幽幽开口：“你知道线粒体夏娃吗？”
对方连连摇头，“我只知道Y染色体亚当。”
“差不多是一个意思。在人类精卵细胞融合时，只有卵细胞中的线粒体被保留，因此线粒体基因是母系遗传。线粒体夏娃在进化学中被认为是人类的共同母系祖先，即现在所有人的线粒体基因都来自于她的线粒体。”
“假设，初始种群中有100个女性，或者说是有100个不同的线粒体基因组并且种群数量保持恒定。如果它们在功能上没有差别，不造成其它的自然选择压力，那么理论上在200代之后，最初100个不同线粒体中只有一个就会扩散到整个种群中，其余的全部丢失。这个独一无二的线粒体的主人，就是线粒体夏娃。”
“线粒体基因是十分稳定的，每隔600代才能产生具有种群意义的突变。目前，不同种族之间线粒体基因组的差异仅为0.32%。通过追溯不同人种线粒体dNA突变前的原型，线粒体夏娃被锁定为20万年前的非洲人。”
卢赫说完，静静期待着菜菜的反应。可对方只是不以为然地啃了一口饭团，“所以呢？你是想说不论我肤色多白手气多好，都跟你一样是非洲人？”
“你个死脑筋啊。”卢赫点了点自己的太阳穴，“想想，用这儿想想。人类的线粒体都遗传自同一位祖先，海昼天的和普通人的不一样，这意味着什么？”
“意味着他不是非洲人？他在20万年前就和咱们不是一个物种了！”菜菜恍然大悟道。
卢赫欣慰地点了点头，“还有，你知道线粒体是怎样诞生的吗？”
“你不会是想提内共生假说吧？”菜菜停止了咀嚼，用纸巾抹掉了嘴角的蛋黄酱。
“没错，你终于上道了。具有氧化磷酸化功能的古细菌，被早期的真核细胞吞噬后，二者形成共生关系。古细菌被困在真核细胞内，逐渐演化成为了线粒体。”
卢赫又点了点自己的太阳穴，“你品，你细品，是不是细思恐极，还吃得下去吗？”
菜菜放下了吃得只剩一口的饭团，取下头套，揉乱了自己的头发，“我头痒，我可能要长脑子了。你的意思难道是，早在15亿年前，海昼天就和我们不是一个祖先了，他的祖先吞噬了已演化出cRISpR功能的大细菌，并且把这个功能保留了下来？”
卢赫点了点头，“孺子可教也。但这只是其中一种可能，另外一种可能是：他被编辑过。”
-------------------------------------
[1]依赖Rho因子的的转录终止：Rho因子是一种大分子蛋白，可结合在新生的RNA链上，借助水解Atp获得能量推动自身沿着RNA链移动，但移动速度比RNA聚合酶慢。当RNA聚合酶遇到终止子时便发生暂停，Rho因子得以赶上酶。Rho因子与RNA聚合酶相互作用，使RNA、RNA聚合酶与自身一起从dNA上释放下来，以防占着茅坑不拉屎。
[2]Gc区：控制转录起始的频率，基本不参与转录起始位点的确定。
[3]tAtA区：确定转录起始位点，使转录能够精准地开始与结束。